Fu l’austriaco Floriano Ludwing che il 15 gennaio 1908, fondò la società calcistica Foot-Ball Bari, con persone originarie di vari paesi europei. La maglia era granata con pantaloncini bianchi, e disputavano partite contro marinai inglesi al Campo San Lorenzo, la piazza d’armi di locale.
Nei primi anni di vita il Bari partecipò alle competizioni ufficiali della FIGC, dedicandosi anche ad affrontare, in amichevoli, equipaggi delle navi sbarcate in città e con altre squadre pugliesi.
Nel 1915, per pochi mesi e prima dello scioglimento del club, i calciatori iniziano a indossare casacche a strisce nero-verdi. Negli anni venti Bari è rappresentata nelle massime categorie da due differenti società Liberty e Ideale, in forte rivalità, identificando le due anime della città del periodo, il Liberty quella aristocratica e borghese e l’Ideale quella più popolare. Successivamente, su ordine del segretario federale fascista di Bari Leonardo d’Addabbo, le due squadre si fusero e nacque l’Unione Sportiva Bari il 27 febbraio 1927, iscritta al massimo campionato di Calcio.
Dall’anno successivo indossano (fatta eccezione per alcune stagioni) maglie bianche con risvolti rossi, fino al 1950, divisa completata con calzettoni neri. Nel 1928, si sposta sul terreno di gioco del Campo degli Sports e tramite un referendum popolare, viene scelto come simbolo il gallo e da quel momento il giocatori del Bari, saranno i galletti. Il campo degli sport viene ristrutturato e rinominato Stadio della Vittoria. Al termine della stagione il Bari retrocesse in serie cadetta, tornando nella massima serie a girone unico denominata Serie A nel 1930-31, dove ballò solo due annate, risalendo in Serie A solo nel 1935, rimanendo fino al 1941. Nella stagione 1938-39 la squadra è allenata dall’ungherese Jozsef Ging, basandosi sui calciatori Capocasale, Grossi e Costantino. Nel periodo pre-bellico è da ricordare la semifinale di Coppa Italia nella stagione 1939-40 venendo eliminato dal Genoa, passando però da tre tecnici il magiaro Andrea Kuttik, quindi Raffaele Costantino e Luigi Ferrero.
Nel 1945 il Bari fu rifondato come Associazione Sportiva Bari e si iscrisse al Campionato Nazionale Misto, chiuso al primo posto a pari merito col Napoli e si ritrovò in A. La squadra pugliese tracollò fino alla retrocessione nel 1950 nella nuova IV serie, passò per problemi economici sotto il controllo di una Commissione di reggenza, affidata all’avvocato Achille Tarsia Incuria. Proprio con Incuria i galletti risalirono fino alla Serie A, conquistata nel 1958, dopo spareggio con il Verona, a guidarli Federico Allasio.
Il Bari disputa tre campionati nella massima serie passando anche dalla guida di Tabanelli e Capocasale, schierando in campo Gianni Seghedoni e la mezzala Carlo Tagnin, poi all’Inter di Herrera. Nella stagione 1962-63, torna in Serie A, trascinata dai 17 centri di Biagio Catalano, sotto la guida del varesino Piero Magni, bandiera della Juventus, dove giocò in tutti i ruoli. La presidenza è del Prof. Angelo De Palo, rinomato ginecologo. Nella stagione in A, sulla panchina dei galletti si alternano Magni, Tommaso Maestrelli e Paolo Tabanelli che non riescono a evitare la retrocessione che diventa repentina discesa in Serie C, al termine del campionato 64-65. Al termine del torneo 1966-67, risale nella serie cadetta con Lauro Toneatto allenatore, che due anni dopo centra anche il ritorno in Serie A, in una squadra che conta sui portieri Spalazzi e Colombo e in difesa su Colautti e Pasquale Loseto. La gioia dura come da tradizione una sola stagione, per il ritorno in Serie B. Dopo due altre stagioni con Toneatto alla guida e un forte dispendio economico per cercare il ritorno nel massimo campionato, il Presidente De Palo, affida la squadra e la guida tecnica a Carlo Regalia, grande scopritore di talenti, che con poche risorse crea una squadra che sarà ricordata come il Bari dell’Onda Verde per l’alto numero di giovani esordienti. Retrocessi per la terza volta in C nel 1974, i galletti tornano in seconda serie tre anni dopo; nello stesso 1977, con il professor De Palo getta le basi per un ammodernamento della società biancorossa e il potenziamento del vivaio sotto il controllo di Regalia, anche accordando l’ingresso di nuovi soci, considerate le sue crescenti difficoltà finanziarie nella gestione del club. In squadra Attilio Maldera, Frappapina, Consonni, Asnicar, Sciannimanico e Giuseppe Materazzi, papà di Marco campione del mondo in Germania nel 2006. Con la scomparsa del Prof. De Palo, la società passa alla famiglia Matarrese, con presidente, l’on. Antonio. Dopo aver investito molto ma senza successo nel quadriennio 1977-81, per la stagione cadetta 1981-82, sempre con Regalia come DT viene deciso di affidare la prima squadra al tecnico della formazione Primavera del Bari Enrico Catuzzi, ringiovanendo la rosa con innesti dalla sua stessa giovane squadra. Catuzzi propone l’innovativo gioco a zona a fine campionato manca la promozione in massima serie per due punti; viene ricordato come “il Bari dei baresi”. Quasi interamente mantenuta, questa formazione non si conferma nella stagione seguente, e retrocede clamorosamente in C.
A guidare la risalita furono chiamati il Ds. Franco Janich e il tecnico Bruno Bolchi che centrano subito il salto di categoria, stabilendo anche un record, arriva come squadra della terza serie a giocarsi la semifinale di Coppa Italia, dove viene eliminato dalla Juventus. Con lo stesso gruppo al termine del campionato successivo fa il suo ritorno in Serie A. In squadra Antonio e Onofrio Loseto, Edy Bivi, Alberto Cavasin, Adriano Piraccini e il capitano Antonio Lopez. Come rinforzi per il massimo campionato arrivano due giocatori inglesi dall’Aston Villa, Gordon Cowans e Paul Rideout. Il primo, regista anche della nazionale inglese si infortuna subito nel precampionato, la squadra di Bolchi, non gira e a fine stagione retrocede. In serie cadetta il Bari torna ad affidarsi a Catuzzi che chiude al nono e settimo posto. Nella stagione 1988-89 il Bari allenato dal pugliese Gaetano Salvemini, chiude al secondo posto, tornando in Serie A. Tra i protagonisti della stagione dei galletti, il regista dello scudetto del Verona Antonio Di Gennaro, la mezza punta Pietro Maiellaro autore di 10 reti e il bomber Paolo Monelli con 16 reti, quindi Angelo Carbone e Massimo Carrera. In Serie A, gli innesti principali per Salvemini sono i brasiliani Gerson e Joao Paulo (che diventerà idolo della tifoseria con le sue giocate), oltre al difensore Massimo Brambati che completa il pacchetto arretrato con Lorenzo Amoruso. Chiude la stagione al 10 posto, e conquista anche il primo trofeo internazionale della sua storia, vincendo la MitropaCup, proprio nella gara di addio allo stadio delle Vittorie, per entrare nel nuovo e modernissimo San Nicola, costruito per i Mondiali di Italia 90. Nel biennio 1990-92 la dirigenza biancorossa spende molto, tra i vari acquisti il centravanti inglese David Platt, dell’Aston Villa, i risultati nono sono all’altezza, con una salvezza sofferta e una retrocessione. Per la Serie B vengono acquistati gli attaccanti Sandro Tovalieri e Igor Protti, che diverranno idoli della tifoseria, con la squadra affidata a Giuseppe Materazzi, che riporta i galletti nella massima serie, centrando poi la salvezza. Ma nel campionato 95-96, non riuscì ad evitare la retrocessione nonostante le reti di Igor Protti e la coppia di svedesi ad alto rendimento Kenneth Anderson e dello sfortunato Klas Ingesson.
Nella stagione 1996-97 il Bari, nuovamente con Regalia come DS guidato in panchina da Fascetti tornò in A, con il futuro campione del mondo Zambrotta, Garzya, De Ascentis, Annoni, Masinga, Ventola, Alberto Fontana in porta, Marco Di Vaio, Flachi, De Rosa, il colombiano Guerrero e il tedesco Tomas Doll come capitano. Nella massima serie tra i rinforzi si ricorda il veloce sudafricano Phil Masinga, oltre al portiere Francesco Mancini, storico estremo difensore del Foggia di Zeman. Sono campionati contrassegnati dal bel gioco di Fascetti, con salvezze quasi tranquilli e il lancio di talenti come il barese doc Antonio Cassano e di Simone Perrotta. Nella stagione 1998-99 i “galletti” si classificano decimi in campionato, ottenendo anche l’accesso alla Coppa Intertoto, alla quale, però, si rifiuteranno di partecipare. La favola del Bari di Fascetti durerà fino al 2001, quando la squadra retrocederà di nuovo in Serie B. Dal 2001 al 2004 i baresi si ritrovano a metà classifica con vari allenatori, come Tardelli, Perrotti, Carboni, Maran, Materazzi e infine Antonio Conte, che riportò in A, i biancorossi l’8 maggio 2009. In una squadra che conta sul portiere Gillet, Paulo Vitor Barreto, Andrea Ranocchia, Kutuzov, Emanuel Rivas e Daniele De Vezze. Nella massima serie il Bari è affidato a Gian Piero Ventura, che centra una salvezza, ma nel campionato successivo non riesce a mantenere le aspettative, venendo sostituito da Bortolo Mutti, ma senza centrare il mantenimento della categoria. Il Bari torna in B in una stagione che si scoprì, qualche tempo dopo, essere stata influenzata dagli scandali del calcio scommesse. Il 13 giugno 2011 il presidente Vincenzo Matarrese, rassegna le dimissioni dopo 28 anni di gestione
La società vive stagioni di grosso travaglio, nel 2014 viene dichiarato l’autofallimento e passò a due curatori e poi fu messa all’asta, vinta dall’ex arbitro barese Gianluca Paparesta, con la nascita del FC Bari 1908.
Il 16 luglio 2018, dopo un campionato chiuso al settimo posto e l’eliminazione al primo turno dei play-off contro il Cittadella, con Fabio Grosso alla guida della squadra, il Bari viene estromesso dalla Serie B a causa dei debiti pregressi, fallendo nuovamente dopo soli quattro anni. A differenza del 2014, viene perso anche il titolo sportivo. Il 31 luglio 2018 il titolo sportivo di Serie D, concesso dalla FIGC in ragione della tradizione sportiva biancorossa, passa a Aurelio de Laurentiis, presidente del Napoli con la nuova denominazione è S.S.C. Bari. La squadra, allenata dal tecnico Giovanni Cornacchini, ottiene subito la promozione con due giornate di anticipo. Nel corso del campionato di Serie C 2019-20 il Bari passa dalla guida tecnica di Vincenzo Vivarini, che lo conduce al secondo posto nel girone C. Manca la promozione, perdendo la finale contro a Reggio Audace per 1-0.