• Parco nazionale della Val Grande la valle selvaggia più estesa d’Italia[62].
  • Parco naturale dei Lagoni di Mercurago di rilevanza ambientale e archeologica[63].
  • Parco naturale della Valle del Ticino ampia area protetta Riserva della biosfera UNESCO che comprende la fascia fluviale dell’emissario del lago[63].
  • Riserva naturale speciale dei canneti di Dormelletto[63].
  • Riserva naturale speciale Fondo Toce che comprende il più esteso canneto del lago, punto di passaggio e sosta delle migrazioni di numerose specie di uccelli[63].
  • Bolle di Magadino area protetta che comprende la parte più settentrionale del lago, in territorio elvetico[64].
  • Riserva naturale speciale del Sacro Monte della Santissima Trinità di Ghiffa.